多肽只能经过共价修饰或者肽键断裂被毁坏。不像蛋白质是从充溢各种蛋白酶的细胞里被纯化，合成的多肽被蛋白酶污染的几率是很小很小的。固拓生物在试验中发现在中性pH条件下，大多数生物实验的停止速度很慢。中性条件下细菌污染可能是一个严重的问题（由于多肽是细菌的一种良好的营养源）。因次，实验里用到的溶剂过滤完全比多肽的稳定更重要。

称重和紫外线吸收力是两个常用的办法。

a. 称重。 它只能提供粗略估量的多肽含量。多肽粉末是不容易处置的。要准确称量少量（<3毫克）是一个问题。另一个问题是，肽能够含有各种含量的水和即便被大范围冻干后含有的较少水平的反离子。水的的含量范围从约5％至20％，有的以至>40％。固拓生物试验中，实计含量取决于多肽序列。反离子的类型和数量取决于用于多肽纯化的溶剂和多肽序列。这些水分子产生的不肯定性是不能被疏忽。

这在小的亲水性肽，这不是问题。在水溶液中，这些肽通常采用伸展构象，一切的侧链是完整暴露于溶剂中的。但关于长的疏水性多肽，固拓生物试验发现这种假定是不完整正确的。有时可察看到低水平聚合和折叠。出于这个缘由，我们以为，酪氨酸在0.1N NaOH中，在293 nm处的吸光度是最好的，由于在此条件下，肽是完整变性的。它独一的缺陷是，用于浓度测定的样品不能被恢复。

假如您的肽不含有色氨酸或酪氨酸，精确理解肽的浓度是至关重要的，独一合理的选择是氨基酸定量剖析。当然，这超出大多数 的日常操作。

当试图将多肽溶解在执行多肽生物功用的溶液中时，溶解度成为关注的焦点。一切的多肽都能溶解在有机溶剂中。但是这并没有多大的协助，由于大多数肽的研讨不能再有机溶剂中进行。

肽的溶解度最终取决于它的序列。在能够操作的条件，pH值可能是最重要的。固拓生物发现，在许多状况下，改动1-3个pH值单位能够使十分稳定的多肽完整溶解。过渡曲线通常是很峻峭的。在一个很窄的pH范围内，溶液从混浊变得明澈。这可能是由于某些残基电离状态的改动，比方His。

还有另一个缘由使pH值调整变得重要。由于用于肽纯化的HPLC溶剂含有0.1%的不能经过冻干彻底除去的TFA，收到的多肽通常含有少量的TFA。从而使得肽溶液比你预期的更具有酸性。